(1) Kiểm tra thông thường: lấy mẫu xác suất theo đăng ký của nhà nhập khẩu.
(2) Kiểm tra giám sát . Mục đích của hệ thống kiểm tra giám sát là nhằm thu thập dữ liệu thông tin về tình trạng an toàn vệ sinh của các hàng hoá thực phẩm khác nhau được đưa vào Nhật Bản. Trong khi các trạm kiểm tra của Bộ Y tế Lao động và Phúc lợi thực hiện phân tích mẫu, hàng vẫn có thể làm thủ tục nhập khẩu mà không cần đợi kết quả kiểm tra. Hàng năm, hệ thống kiểm tra giám sát nêu rõ loại hàng hoá phải kiểm tra giám sát dựa trên số lượng nhập khẩu hàng năm và thông tin lưu trữ về những vi phạm trong quá khứ đối với mỗi hàng hoá.
(3) Hệ thống kiểm tra khác: Do thanh tra thực phẩm của Bộ Y tế Lao động và Phúc lợi thực hiện đối với: a. Thực phẩm lần đầu tiên được nhập khẩu vào Nhật; b.Thực phẩm không đảm bảo quy định của Luật vệ sinh thực phẩm; c.Thực phẩm gặp sự cố trong quá trình vận chuyển.
(4) Lệnh kiểm tra bắt buộc: Do Bộ Y tế Lao động và Phúc lợi Nhật Bản ban hành, căn cứ vào: Độ rủi ro của thực phẩm; Hiện trạng vệ sinh, an toàn thực phẩm của nước xuất khẩu; Lịch sử vi phạm của sản phẩm. Nhà nhập khẩu chịu trách nhiệm thanh toán chi phí kiểm tra.
(5) Cấm nhập khẩu toàn diện: Căn cứ lịch sử vi phạm, điều kiện đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm của nước xuất khẩu, nếu thực phẩm nhập khẩu vào Nhật Bản từ một nước hoặc một doanh nghiệp vi phạm Luật vệ sinh thực phẩm 5% trên tổng số thực phẩm được kiểm tra. Các đối tượng bị cấm nhập khẩu sẽ bị đưa tên lên mạng cảnh báo của Nhật (6) Biện pháp khẩn cấp: Dựa trên thông tin phát sinh từ nước xuất khẩu. Trong thời gian qua, ngành thuỷ sản Việt Nam liên tiếp nhận được những thông báo từ Bộ Y tế Lao động và Phúc lợi Nhật Bản cảnh báo phát hiện dư lượng chất Chloramphenicol trong sản phẩm cá mực và tôm biển của Việt Nam. Cụ thể là vào tháng 6/2006 Cơ quan kiểm dịch Nhật Bản đã phát hiện dư lượng chất chloramphenicol 0,0017 ppm, là chất không được phép có trong thực phẩm theo Luật Vệ sinh thực phẩm của Nhật Bản sau khi kiểm tra ngẫu nhiên sản phẩm cá mực của Công ty TNHH Trung Vĩnh xuất khẩu vào Nhật Bản. Do vậy, Bộ Y tế Lao động và Phúc lợi Nhật Bản có thông báo là từ nay tất cả các sản phẩm cá mực Việt Nam xuất khẩu vào Nhật đều bị kiểm tra mật độ 50% cho mỗi lô hàng (trước đây chỉ kiểm tra 1 số lần nhất định trong một năm), và kể từ ngày 27/6/2006, nếu phát hiện thêm một lần vi phạm tương tự thì phía Nhật sẽ áp dụng ngay lệnh kiểm tra 100% trước khi cho nhập khẩu vào Nhật. Tuy nhiên do phía Nhật Bản tiếp tục phát hiện dư lượng chất Chloramphenicol trong các lô hàng mực xuất khẩu từ Việt Nam nên kể từ 3/8/2006, 100% lô hàng mực xuất khẩu của Việt Nam khi vào thị trường Nhật sẽ bị kiểm tra.
